发酵床良好运行的过程就是功能茵群正常生长繁殖的过程。功能菌的生长条件包括垫料要适合碳氮元素比例的营养源、相对充分的氧气供应、合适的温度、适合的水分含量和ph值等。
一、发酵床菌体生长的营养源
粪尿中能量物质包括末被消化利用的碳水化合物、蛋白质利其他含氮物质(粗蛋白)等，是发酵菌群代谢活动的主要能量来源。
生产实践证明，发酵床的垫料原料必须选用碳氮比大于25：1的材料相配合，才能使发酵正常进行。
二、发酵床垫料的透气性
发酵床功能菌的生长活动以有氧发酵占绝对优势。满足氧气供应是保证发酵的前提，同时需要及时排出发酵生成的废气和煎腾的水汽。这就需要垫料有良好的透气性。
反之，如果垫料的透气性差，氧气供应不足，厌氧微生物活动增强，垫料中的微生物以腐败菌群占主导，这样就不能正常降解粪尿，而是生成大量的腐殖质，使氯素积留垫料中，这样垫料会快速老化，最终发酵床功能失效。
三、垫料的吸水性和水分含量
水分是发酵苗群正常生长的基本保证，也是保障垫料中养分和微生物移动的条件。垫料水分含量直接影响发酵床的运行效率和成败。水分过少会抑制发酵菌群生长，但过多对发酵更不利。
水分过多不但使发酵产生的温度过快散失，中间发酵层不能积存较高温度，而且减少垫料中空气的含量、阻碍空气在垫料中的流动和交换，影响发酵过程氧气供应和废气排出。
一般来说，发酵床垫料中水分含量在40％左右最有利于发酵。垫料较强的吸水条件是发酵床保持合适水分含量的重要条件。
四、适宜的酸碱度
发酵床功能菌的适合酸碱度一般在7．5左右。过高过低都损害功能菌的正常生长。正常运行的发酵床垫料会自动调节自身的酸碱度，不用人为特别干预。
