活鱼在密集运输过程处于一种非常恶劣的环境中，鱼在运输中的死亡是复杂的综合作用，很难说是哪个单一因子引起的。但死鱼的主要原因可能有以下几方面。
(1)运输中鱼的密度大，活动强烈，使溶氧含量降低，二氧化碳、氨等有毒的排泄物增加。但在运输中一般都采取增氧措施，溶氧缺乏不一定是死鱼的主因。氨量虽大，但因为pH值较低，毒死鱼的可能性也很小。
(2)鱼体在运输中撞碰受伤后，淡水可以通过伤口大量进入鱼体，超过肾脏排泄的能力，使鱼体内水分平衡失调。伤口还会感染水霉菌病，使鱼在运输后死亡。
(3)由于鱼的剧烈活动，供应能量时糖分解不完垒，肌肉内乳酸的积累量超过鱼类所能忍受的限度而引起死亡。
(4)途中补水不当，加入了有毒的污水或含氯量太高的自来水。据报道，自来水的含氯量为0.25-0.3毫克／升时，有一部分鱼苗死亡，达0.35毫克／升时，全部死亡。
(5)在运输前忽视了对鱼种的锻炼，造成了鱼种大批死亡。根据实践经验，我国的鲢、鳙等鱼苗、鱼种，在运输前必须拉两三次网再放入鱼池，叫做锻炼，锻炼过的鱼能忍耐长途运输。
(6)在运输鱼苗时忽视了鱼苗的孵出时间，过嫩的鱼苗卵黄囊还未消失，鳔（腰点）未出现，鱼苗不会浮起，放入水中，就会沉到水底，陷入缺氧的淤泥中，造成死亡，因而不能运输，孵出过久，很难得到适口饵料，体色发黑，也不好运输。只有在鳔刚出齐，体呈淡黑色的鱼苗才适宜运输。
(7)运输前忽视了鱼苗质量的检查。如果鱼体瘦弱，就经不起运输过程中环境的骤变，造成大部或全部死亡。
