在静水中孵化时，要经常换水，如果大批量生产则要采用孵化桶、孵化环道和孵化缸等，采用流水法可以增加水中溶氧，使水从孵化器底部进入，由上部溢出，这样会使受精卵不断翻滚，不沉入水底，可避免缺氧引起死亡。
凡孵化用水，都要经过砂滤或筛绢过滤，目的是滤去敌害生物或大型浮游生物。黄鳝人工授精率较低，又不易鉴别是否已经受精，未受精的卵在孵化过程中崩解后很容易使水质恶化，因此必须及时换去污水或保持水流动，保持孵化水质的良好。
黄鳝孵化水温最适为25～30℃。孵化过程中，力求保持水温的相对稳定，水温急升骤降（相差3～5℃时），都会导致胚胎发育畸形甚至死亡，孵化率下降。若水温保持在25～28℃，5～7天后陆续孵化出幼鳝苗，10天后全部孵出。
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