韭菜是喜肥作物。但是若大量施用化肥会引起偏氮徒长，从而降低抗病性。因此，施肥上应该以施用优质腐熟的有机粪肥、饼肥或生物菌肥为主，补施化肥为辅，施化肥时要施用氮、磷、钾复合肥，并适量施用微量元素肥料，培养健壮根株，以提高棺株抗病虫能力和增加商品性。
韭菜灰霉病、疫病的流行条件是高湿低温，因此，拱棚栽培应加强管理，及时通风换气，严格控制温、湿度，尽量保温和降低湿度。通风量要根据棚温和韭菜长势确定，刚割过的韭菜或外界温度低时，通风要小或延迟，严重防扫地风。
另外，为降低棚内湿度，减轻病害发生，应结合施用烟剂和粉尘剂，尽量减少液剂的使用次数。
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