做好以上的工作，合作社就可以委托办事能力强的人员（多数是理事长）去办理合作社登记事宜了，先到工商部门申请注册登记，取得营业执照后刻制公章和法人代表名章，在一个月内办理组织机构代码证书和税务登记证书，选择一家银行开立银行账户，最后到乡（镇）政府和县级农业部门进行备案。这样一个农民专业合作社的手续就办妥了。
农村养猪合作社运行阶段
农民专业合作社从创办设立到正式运行，要想真正体现“生产在家、服务在社”、“先有专业生产后有专业合作、先有群众意愿后有组织建设”、“自主管理、自由进退”的要求和理念，就必须全面强化内部管理，促进规范运行。这些要求的着力点是，在家庭承包经营的基础上，充分强调“统”的功能，使统分结合的双层经营体制得以延深。合作社理事会或者管理人员要结合本合作社的实际，可以有选择地重点抓好以下工作：
1、为社员及时提供信息服务：在信息化时代，作为建设和发展现代农业的一个崭新载体，合作社的运作离不开市场导向。加强对市场信息的收集和传递，是合作社实现灵活经营、规避市场风险的一项长期而重要的工作。合作社管理层要对产品动态信息、市场供给信息、消费需求信息、市场价格信息、产业政策信息等作出及时反应并传达给成员。
2、组织农民学习科技知识：合作社不仅要实现合作社成员大幅度地增产增收，更要带动当地广大农民群众增收致富。科技是生产力，对此，提高产业的科技含量，提高合作社成员的生产技术水平，培养新型农民应列入合作社的重要议事日程。可以说，合作社要开展培训的内容是非常广泛的，首先要抓好的是合作社有关理论知识培训，使合作的理念深入人心。
