甘薯薯块在贮藏期发生坏烂的主要原因包括冷害、病害、湿害、缺氧等。品种的耐贮性、生长期长短、田间生长环境等亦与坏烂有关。
1、冷害
薯块在9℃以下存放，时间一长组织机能遭到破坏，最后丧失生命力，冷害很容易引起病菌侵染而导致腐烂。
一般将9℃定为冷害的临界温度，受冷害的薯块表面有明显凹陷斑块，肉色变暗，手压薯肉呈现清水滴，无白色乳汁。
受过冷害的薯块食用品质下降，作为种薯用，出苗晚、出苗少，育苗前不能采用高温催芽或温水浸种。
2、湿害或干害
由于薯块贮藏初期外界气温高，薯块呼吸作用旺盛，薯堆内水汽上升，在薯块表面遇冷时凝结成水珠，浸湿薯堆表层的薯块引起湿害。
冬季雨雪多，地下水位上升或薯窖位置不当，结构不好，造成窖内积水，受涝时间长了，不久便会腐烂。
干害则浅窖发生较多，窖内湿度过低，薯块细胞原生质失水，造成生理萎缩，酶活动失常，呼吸强度增强，有机物分解加强，尤其作为保鲜商品薯要特别注意干害的产生。
3、病害
薯块因病害造成腐烂有两种情况，一是薯块带病入窨，如黑斑病、茎线虫病等，病菌在窖内繁殖，造成坏烂；二是由于贮藏条件不好，薯块生活力下降，病菌乘机而入，如软腐病，以及各种霉菌。
4、缺氧
地下窖、井窖，特别是深井窖，较易发生缺氧现象。
如果封窖太早或装薯过满，未能及时通风换气，会发生因呼吸作用导致氧气不足，当窖内二氧化碳含量超过4%时，薯块被迫进行缺氧呼吸，引起酒精中毒而腐烂。
农村中有饮酒后不能入窖一说，与薯块缺氧呼吸而产生的浓厚酒香味有关，实际坏烂并非饮酒者入窖所至。
