光合细菌是一种具有多种功能的良好微生物制品，如使用得当，效果尤佳。为此，施用时必须严把以下几道关：
(1)把好菌液质量关
菌液质量主要看其优势菌种及每毫升菌液所含菌体数或叫菌液浓度。例如：同样j毫升菌液，次者仅含菌体十几亿个，而质量好的却含50亿个以上，相差几倍。
另外，淡水用菌种最好是沼泽红假单孢菌、球形红假单孢菌等，一般要经过抽样镜检，常用后，凭其色泽、气味、菌液粘稠度等直观现象亦可鉴别其优劣。
(2)把好菌液时相关
光合细菌在培养期内有一个对数增长期，此期菌体繁殖生长最快，最话跃，应用效果也最佳。
一般在窒温28-32℃时，接种后4-6天即达此期，此时应适时施用，否则放置时间过长(超20天以上），效果会逐渐下降。
(3)把好施用和保存关
无论是饵料添加、泼洒、加压底输，还是对放养苗种和病鱼的浸洗，均应在施用之前现稀释、现应用，不要1次配制多次施用，以确保菌液质量。
光合细菌菌液或菌种最好在3-4℃低温保存。为防污染，瓶日可套一塑料袋，瓶口注意密封。
用户若想自己培养光合细菌，应当先到有关单位学习，除掌握基础知识和操作规程外，还须注意把好灭菌、消毒、配科、抽检等关。
