由于食用菌生产方式多样，危害食用菌害虫种类也较多，其中常见的有30余种。此外许多其他动物也可对食用菌生产构成威胁，一般食用菌生产因虫害可减少经济收入的20%-50%。
食用菌害虫和确害动物的危害主要表现在以下几方面：
①取食危害菌种及菌丝，引起“退菌”。例如眼菌蚊、线虫取食危害菌丝体影响发菌；有害螨类危害菌种并能随菌种扩散而大面积发生；食丝谷蛾危害菌种使木耳难以定植等。
②取食菇营和子实体。跳虫、蛞蝓、老鼠、鼠妇、马陆等均直接取食危害食用菌子实体，形成缺刻或毁坏整个子实体，使其丧失商品价值。
③取食培养料并促使培养料霉变。例如，粪蚊、厩腐蝇、菌蚊等幼虫均能取食食用菌的培养料，并在培养料中穿行，导致培养料霉变，不利于食用菌栽培。
④携带传播病虫害。菌蚊、蚤蝇、果蝇等害虫，不仅直接危害食用菌，还是菇房害螨传播蔓延的主要载体；线虫的穿行，也是杂菌在培养料中传播的载体。因此，在害虫大发生之后，随之而来的将是病害继发性流行，给食用菌生产带来毁灭性的打击。
⑤危害贮藏期的食用菌制品，引起霉变、形变而使之失去商品价值。许多仓库害虫如欧洲谷蛾、印度谷螟、赤拟谷盗等都可以严重地危害香菇、木耳等食用菌商品，造成严重的经济损失
