2、菌丝老化。菌丝发黄，料中菌丝分布不均，没有菌丝特有的清香味，不出菇或出菇少，产量低。菌丝老化主要是因为光线过强、料温过高、通气不良。为避免这个问题的发生，菇床应选择有三阳七阴的果园间隙地，防止阳光直射菇床。遇到白天温度较高时，播种前稻田可以预堆发酵，避免建堆后温度升高。播种后遇高温天气时，要用木棒在料面每30公分见方打1个直径5公分的洞穴，直到料底，利于散热。白天温度高时，揭开菇床两头的端膜，保持空气流通。
3、菇床中间不出菇或出菇少。出菇后，菇床中间没有现蕾或只有稀疏的几朵菇，产量低。主要原因有以下几个：⑴菇床中间积水，菌丝受损伤。⑵铺料不匀，菇床中间铺料厚度不够。⑶菇床中间覆土薄，肥力低，菌丝少。⑷发菌不均匀，菇床中间料没有吃透，营养不足。
解决的方法有：⑴整理菇床时，中间做成龟背状，防止积水。⑵分层铺料时，保证每平方米用干料25千克左右，铺排均匀、压实。⑶覆土选用富含腐殖质、土质疏松的壤土，覆土厚度3一4公分，避免中间薄、四周厚的现象。⑷材料处理要均匀，避免发菌不匀，造成出菇稀疏。
4、菇蕾易开伞。菇蕾在发育过程中易开伞，子实体小，纤维化程度高，品质降低。主要是因为：⑴出菇时温度过高，菇棚干燥。⑵覆土薄，菇床自我调节能力差。
为避免这个问题的出现，应：⑴加强出菇期间的管理，重点是保湿，畦面相对湿度控制在90一95%，温度控制在14一25℃。⑵保证覆土层厚度，提高菇床的自我调节能力。
5、杂菌侵害。菇床中出现鬼伞、盘菌、裸盖菇等竞争性杂菌。主要是因为质量差的稻草带入杂菌，菇床菌丝生长不良。应选择新鲜、足干，浸料前曝晒消毒。发现鬼伞等现象时，应及时拔除。栽培过程中要掌握好培养料的含水量，以利菌丝健壮生长，让其菌丝占绝对优势，以抑制其它杂菌。