苹果树腐烂病是由一种弱寄生真菌——苹果黑腐皮壳菌侵染而引起的，主要在果树休眠期发生为害。
该菌以菌丝体、分生孢子器、子囊壳和孢子角在病树皮下或残枝干上越冬，成为来年发病的主要初侵染源。翌年早春，随着病部的发展，逐渐形成病菌孢子，并在雨后或高湿条件下，孢子随风雨传播扩散，昆虫和工具也可传播。
腐烂病一般一年有两个发生高峰期：3～4月随气温回升，病斑迅速扩展，进入为害盛期，到5月中旬后出现大量的孢子角.
此后随果树进入旺盛生长期，抗病力增强，病斑不再扩展，新病斑也很少发生；9～11月，随树体停止生长，抗病力减弱，病斑又开始扩展并产生新的病疤。
苹果腐烂病发生的主要原因有以下几个方面：
(1)果园管理粗放
一般情况下，管理精细的果园（包括精细修剪、细致喷药、合理施肥、浇水等）发病率特别低，基本上不发病、少发病，产量比较稳定。反之，管理粗放的果园则发病重。
(2)树体负载量过大
凡过量结果，超过树体本身负载能力的，果实质量差，树体发病率都特别高。尤其是大小年严重的果园，大年结果后腐烂病就会大发生。
(3)肥料投入不足，结构不合理
要保持树体健壮，减少腐烂病发生，还须保证树体营养的正常供应，及时增加果园的投入，尤其是足够的基肥（粗肥）的投入量至关重要。据调查，土壤有机质达到1%以上的苹果园，树体很少有腐烂病发生。而常年依靠化肥，特别是速效氮肥过量，不施粗肥的苹果园，比较容易发病。
(4)对其他病虫害的防治不力
为害叶部的病虫害，往往造成叶片提早脱落，削弱了树势，腐烂病易发生；为害枝干的害虫，也可加重腐烂病的发生。
(5)树体伤口过多
果树遭受冻害、日灼、病虫为害，以及不合理修剪等造成的机械伤口均易导致腐烂病的发生。
