恒河猴的寄生虫种类较多，比较常见的有阿米巴原虫、结节线虫、类圆线虫、疟疾和肠道滴虫等。
阿米巴原虫是导致恒河猴患阿米巴痢疾病的病因。猴感染了痢疾阿米巴原虫以后，虫体主要依附于宿主肠黏膜上，并不进入组织。因此，临床症状主要表现为水性腹泻，虽不经治疗也可以自愈，但是不久又会复发，也有的猴无明显症状。一般治疗可采用盐酸依米丁给患猴作皮下注射，剂量为每千克体重1-2毫克。或者日服卡巴胂，每日250毫克．1日2次，连续服用10天。
恒河猴的结节线虫有两种：长刺结节线虫和短刺结节线虫。结节线虫在发育过程中没有中间宿主参加，虫卵随粪便排出体外后，在适当的温度、湿度下孵化出幼虫，再经二次蜕化后形成有侵袭性的幼虫，幼虫被宿主吞食后进入胃肠道。在宿主的盲肠和升结肠内，幼虫脱去鞘膜，钻人肠黏膜内，形成瘸样小结节，因而得名结节线虫。结节线虫还可以经皮肤感染，随血液进入肠壁和其他组织器官。猴感染结节线虫后，体质健壮者一般不显示症状，严重时则会出现腹泻、消瘦，有时在粪便中还可见到带血丝的黏液。冶疗上，一般使用硫化二苯胺放在饲料内让猴自动采食，可按每千克体重140毫克剂量给药，持续10 - 21天。此外，也可采用四咪唑或左旋咪唑，按每千克体重10毫克剂量，一次性投服、，
其他寄生虫病如蛔虫病、鞭虫病、疟疾、肠滴虫病和丝状棘虫病等，在临床上较为少见，或后果不太严重=其治疗可以参考其他动物的防治方法。
