雄獭狸全年均可交配，雌獭狸则每间隔25-30天发情一次，每次持续2～3天。雌獭狸分娩后2～3天即可发情血配受孕。但血配的受孕率较低，最好是在第二个和第三个发情周期时交配，这期间交配受孕率较高。
雌獭狸发情时的生理特点是外阴潮红，肿胀湿润，阴门呈一条红线状，有粘液分泌。雌獭狸此时兴奋不安，趋向雄獭狸，食欲不振，还时常发出像羊羔的“咩——咩——”的叫声。獭狸在水中和陆地上均可进行交配，每次交配时间大约2-3分钟。交配方式是雄獭狸爬在雌獭狸背上交配，射精后很快向一侧滑下。
成年獭狸发情交配一般不受季节限制，但应根据妊娠期4个多月的特点，可人为地有计划地安排配种和产仔的有利时间。如冬季饲养条件差，圈室太冷，这时不利于雌獭狸产仔，故秋季不宜放对配种。
獭狸除血配（产后2-3天进行交配）外还有以下几种交配方法。
1．一公一母定时配种。将母鼠移入公鼠圈内观察其交配，交配后将母鼠送回原圈，次日再交配，连续交配2-3天，如发现母鼠发情5～6天，仍不接受交配，可能发情期已过，可等20天以后交配。这种交配方法公母比例可达1：4。
2．一公多母群养交配。1只公鼠和4～5只母鼠养于同一圈中自然交配，每月检查母鼠两次，确为怀孕的取出单独饲养。是否怀孕的检查方法是手提尾巴，轻轻放在地上，趁母鼠向前挣爬时，另一手轻捏后腹部，能触摸到腹内有成串的胚胎时即为怀孕，及时检查能提高圈舍利用率，减少母鼠空怀。
3．多公多母群养交配。即3～4只公鼠和20～30只母鼠合养一大圈内，自然交配。检查母鼠受孕同上面方法一致。一般生产商品鼠用这种交配方法较经济方便。但所生仔鼠系谱不清，教育种群不宜采用。
配种注意事项：獭狸的受配率11月～翌年2月份高，3～6月份低。夏秋在凉爽时配种，春冬应在天气暖和的时候（上午9～11时、下午14--16时）配种。
