温度、湿度、通气是鳄龟孵化的三要素，也是所有龟鳖孵化的永恒主题。鳄龟的孵化需恒温控制在32℃，约60天左右，稚龟就会孵出，沙温与空气温度不－致，一般控制沙温32℃，空气温度35℃左右。湿度控制包括绝对湿度和相对湿度，绝对湿度指沙中含水量要求8%左右，以手捏成团、放开即散为准，孵化室中空气的相对湿度，用湿度计可测，保持鳄龟需要的85%相对湿度主要方法是采取人工不定期酒水，在孵化前期，酒水可以适当多一些，后期酒水尽量少一些，保持一定的干燥，以防受精卵中的成形稚龟受到过多水的刺激而早产。况且，过多的酒水不利于受精卵的呼吸和通气。
稚龟孵出后的1~2周内属于暂养期，刚孵出的稚龟卵黄囊约2天后逐渐吸收完毕，进入人工暂养过程。稚龟开口饲料可选蛋黄、猪肝、红虫、专用配合饲料。暂养容器可用塑料盆，密度每平方米100只左右。注意水不能太深，宜2~3公分，以盖没龟背为限，过深的水位可能因稚龟刚出壳游泳能力不强，容易造成淹死。因水位浅，水质容易变坏，要勤换水，容器小，每天换水1~2次，如果在较大的专用池暂养，一般每48小时换水1次。
