羊在散养情况下疾病较少。现在养殖密度加大，有的已形成规模化饲养，在条件变化后，疾病传播概率加大，疾病相对增多，更应重视免疫接种疫（菌）苗和加强消毒、卫生工作。
除寄生虫病外，羊的病毒性和细菌性传染病有20余种，病毒病有羊痘、蓝舌病、口蹄疫、羊传染性脓疱等；细菌病主要是梭菌感染，如羊快疫、羊黑疫、羊猝疽、羊肠毒血症等。此外，还有羊布鲁菌病、羊李氏杆菌病、破伤风、山羊传染性胸膜肺炎、羊大肠杆菌病和羊沙门菌病等。
但整个疾病预防，不仅只靠疫（菌）苗等预防，还得要加强消毒、卫生和饲养管理等综合措施。
目前羊常用的疫（菌）苗有羊痘疫苗，主要是山羊痘细胞菌，每只羊每年免疫1次，3月龄内的哺乳羔羊，在断奶后应加强免疫1次；口蹄疫疫苗，在发病地区定期免疫接种，应给羊注射国家认可的同型口蹄疫疫苗；传染性胸膜肺炎氢氧化铝苗，6月龄以下山羊皮下注射3毫升，6月龄以上山羊注射5毫升；羊快疫、羊黑疫、羊猝疽、羊肠毒血症和羔羊梭菌性痢疾，都是梭菌性疾病，可根据本地流行情况用三联（羊快疫、羊猝疽、羊肠毒血症）、四联或五联苗（羊快疫、羊猝疽、羊黑疫、羊肠毒血症和羔羊痢疾），皮下或肌内注射5毫升，免疫期半年以上。怀孕母羊产前定期注射五联菌。
其他菌苗要根据本地羊流行病学情况而定，如有羊传染性脓疱，可在每年3月或9月用该病弱毒细胞冻干苗每只羊口腔黏膜注射0.2毫升。以及羊蓝舍病、布鲁菌苗、大肠杆菌苗、沙门菌苗等。
预防接种疫苗应由当地兽医部门负责和指导下进行。常年非种用羊的免疫接种为：3月份羊痘病，皮内注射0.5毫升；羊三联菌，肌内注射5毫升。4月份羊口蹄疫苗，肌内注射，成年羊2毫升，青年羊1毫升。5月份传染性胸膜肺炎苗，皮下注射，6月龄以下羊3毫升，6月龄以上羊5毫升。9月份羊三联苗，肌内注射5毫升。10月份羊口蹄疫苗，肌注，成年羊2毫升，青年羊1毫升。11月份传染性胸膜肺炎菌苗，皮下注射，6月龄以下羊3毫升，6月龄以上羊5毫升。
