1症状类似
新城疫的神经症状、产蛋下降与很多疫病类似，常常是造成与其他疫病误诊的主要原因，包括禽流感、传染性支气管炎、减蛋综合征等。
(1)呼吸道症状类似：包括禽流感、传染性支气管炎、传染性喉气管炎等。与传染性支气管炎的区别在于，传染性支气管炎不会出现神经症状；与传染性喉气管炎的区别在于，鸡新城疫不会出现咯血现象；与禽流感的区别在于，鸡新城疫不会出现肿头、腿部鳞片出血等症状。
(2)神经症状类似：这种类型的鸡新城疫主要与禽流感难以区别，应进行实验室鉴别诊断。
(3)产蛋下降类似：这种类型的鸡新城疫主要与禽流感、传染性支气管炎、传染性喉气管炎、传染性鼻炎和减蛋综合征等疫病难以区别，应进行实验室鉴别诊断。
2剖检变化类似
腺胃出血、肠道“岛屿状”出血及溃疡常常是新城疫典型的病理变化，能产生这类病变的还包括禽流感、传染性腺胃炎和毒素中毒等。这些病都能引起腺胃出血，但禽流感同时可以引起肠道“岛屿状”出血和溃疡、肾肿、脂肪出血等病变；传染性腺胃炎没有肠道“岛屿状”出血及溃疡的病变，还能出现腺胃肿、肾肿等病变；毒寨中毒会出现肺脏、肾脏的出血和肝脏病变。
3免疫失败
理论上讲，新城疫的预防接种所产生的免疫力足以抵抗病毒的感染，但新城疫的免疫保护水平受母源抗体水平、疫苗种类、弱毒疫苗株的性质、免疫程序等因素的影响，疫苗接种鸡群存在低免个体，仍然存在病毒的感染的可能。另外，城疫的免疫保护水平是相对的。实践证明，同样的新城疫的免疫水平，隔离措施较好，环境清洁的鸡群，不发生新城疫；而相对开放饲养的鸡群经常，同样可以发新城疫。因此，决不能以预防接种来代替良好的管理和安全措施。
