运输虾苗前，应先将需运输的虾苗完全淡化。一般在稚虾完全淡化再暂养3天后起运。未完全淡化虾苗或暂养时间过久，虾苗开始蜕壳，运输成活率会显著下降。
虾苗短途运输可用船或汽车将虾苗装入帆布袋鱼桶中运输；长途运输以尼龙袋充氧装运较安全、简单易行。尼龙袋充氧装运密度大，成活率高，搬运方便，适用于汽车、火车、飞机等运载。
帆布袋鱼桶装运，桶内水深保持25－40厘米，底面积0.5平米的帆布桶可装5000－10000尾，早上或晚上运输3－6小时较佳，白天运输要避免水温过高，阳光直射。
尼龙袋充氧运输，在水温25℃～26℃下，体积20～25升尼龙袋内装10升左右水采用表2-1所列运输时间和密度成活率可达90%左右。
尼龙袋运输，装苗前者先检查袋是否有裂缝漏气，粘合强度是否耐运输中可能的冲压。然后将两只完好的袋套在一起，先装少量清水确无漏洞后，将虾苗连水倒入袋中，水和虾约占袋2／5，计算好虾苗数，避免过量。
虾苗装袋后立即排空袋内空气，插入氧气管充气，使袋涨圆略有活动余地，不要超过大气压，以免气温升高涨破，或划破袋。充氧后将袋口折叠扎紧，在确无漏气后即装入纸箱起运。
到达目的地后，将尼龙袋从纸箱中取出，放入放养水域中漂浮约一刻钟，观察袋内虾苗状况和袋内外水温差异。待袋内外水温基本平衡后，将袋口打开，向袋内慢慢倒入养虾池水。若虾苗活动增强即将其放入池中，不可未将处理匆匆倒入池中。
因为袋内氧气和二氧化碳浓度高，虾苗在袋内呈半麻痹状态，直接倒入池内，易沉入水底的低氧水层，影响成活率。
