排放结束后，选择质量好的卵子进行人工受精。精子产出后1小时内，具有正常受精能力，卵子产出后0.5小时内，受精正常。人工受精卵经过2－3次洗卵后，即可移到孵化槽（池）内进行孵化。
亲胆阴干1.5－2小时后，流水刺激1小时，再移到高于原水温1℃－2℃的海水中，经过2－3小时，出现排精产卵的现象。
此法成功率视亲胆的性腺发育程度而异，一般马粪海胆可达40%左右。受精卵经过几次洗卵，除去多余的精子，即可移入孵化池（槽）孵化。
幼虫孵化出后，发育至棱柱幼虫，即可进行选优，移入培育池进行幼虫培育。
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