5、疫病。露地栽培的朝天椒，初夏发病多，首先危害茎基部，以分叉处茎变黑褐色或黑色最常见，如被害茎木质化前染病，病部明显缢缩，造成地上部折倒，且主要危害成株，植株急速凋萎死亡，成为朝天椒生产上毁灭性病害。
防治方法：⑴加强田间管理，进入高温雨季，气温高于32℃，尤其是要注意暴雨后及时排除积水，雨季应控制浇水，严防田间湿度过高。⑵药剂防治：田间发现中心病株后，及时喷酒和浇灌72.2%普力克水剂600一800倍液，58%甲霸录锰锌可湿性粉剂400一500倍液。
6、日灼病和脐腐病。日灼是强光照射引起的生理病害，主要发生在果实向阳面上，发病原因是果实局部受热，温度过高，灼伤表皮细胞引致此病。脐腐病也是一种生理病害，初期幼果脐部呈现水浸状病斑，后逐渐扩大，病部颜色由暗绿色变为暗褐色，患病组织皱缩，表面凹陷，引起脐腐病的原因主要是水分供应失调，前期水分供应充足，后期缺水造成。此外，土壤中氮肥过多，营养生长旺盛，果实不能及时补充钙也会发病。
防治方法：⑴合理密植，加强田间管理，保证水分供应均匀，掌握"见湿见干"的浇水原则，切记大水漫灌。⑵根外追肥，在着果后喷酒1%过磷酸钙，或0.1氯化钙，0.1硝酸钙，隔5一10天1次，连续防治2一3次。
