西洋芹常见的病害有斑枯病、斑点病、菌核病、镰刀菌黄萎病、软腐病、黑腐病和病毒病，防治方法主要是：选用抗病品种，如犹他系列品种抗镰刀菌黄萎病；采用带菌少的种子，一般病菌在种子上可存活1年左右，用存放两年的种子，就很少带斑枯病和斑点病的致病菌，对于新种子可用48℃温水浸种30分钟，也基本可以杀灭病菌；实行2年以上轮作；加强田间温湿度管理。在发病初期可用药剂防治：
(1)斑点病、斑枯病、黑腐病、菌核病
用1：0.5；160-200波尔多液；50%代森锰锌液800倍-l000倍液；75%百菌清600倍液-1000倍液；50%多菌灵可湿性粉剂500倍液-800倍液；70%甲基托布津800倍-1000倍液，交替使用，每7天-10天喷洒一次；
(2)镰刀菌黄萎病
用50%多菌灵或50%苯来特可湿性粉剂500倍—1000倍；或50%治萎灵800倍-l000倍，每株200倍-500毫升灌根，每10天左右一次，连续3次-4次；(3)软腐病要及时拔除病株消毁，或用浓石灰水消毒病穴。
(3)生理性病害
西洋芹常易发生缺钙、缺硼，缺锰和缺镁等缺素症，栽培管理不当或采收过迟易空心。
