近几年，大棚秋西红柿病毒病的发生呈上升趋势，最常见的西红柿小叶病、白色筋腐果病就是西红柿感染病毒所致。秋西红柿从育苗到定植，到第二穗果采收，都要以防治病毒病为主。
一、培育无病毒壮苗
播种前将种子用清水浸泡3-4小时后，进行种子消毒。再用10%磷酸三钠溶液浸泡20分钟，捞出用清水冲洗干净后，即可播种。
二、播后管理要点
苗期多通风。苗床要采用高畦苗床，并在其上支架覆盖遮阴物，避免强光直射。在阴天、早晨或傍晚光线较弱时，一定要揭开透光。遇雨及时覆盖塑料布，防雨淋。
为增强小苗的抗病性，小苗真叶显露时，可连喷带灌1-2次抗病威或植病灵等药剂，也可用新型药剂如植物病毒疫苗进行免疫。另外，根据幼苗的生长情况，喷百万分之三百至百万分之五百倍液的矮壮素防止徒长，一般喷1次即可。
三、适龄定植
1)土壤消毒。亩用生石灰80-100千克进行土壤消毒，然后施足有机肥，并亩施复合肥50-70千克和硫酸锌、硫酸锰各1-2千克。
2)定植。播后20-25天，植株长到5片真叶时进行定植。先用大水灌定植沟，待水刚渗时，像栽甘薯秧一样，直接贴苗，亩留苗3 000-5 000株。注意在下午或阴天定植。
四、定植后的管理
1)蹲苗期管理。定植3-4天后，浇缓苗水，然后蹲苗。蹲苗期连续锄划2-3遍，促根向深处延伸。当第一穗果达鸡蛋黄大小时浇水，并亩追复合肥20-30千克。以后视土壤干湿情况，每7-10天浇1次水。
2)插架整枝。及时吊绳或插架，并单干整枝，每穗下面的大侧枝留1叶摘心，小侧枝全部去掉，每穗留果3个，4穗以上留2片叶摘心。摘心后，所有新生枝叶都要及时去掉。
3)激素处理。每穗花开放2-3朵时，用25%-50%倍液的防落索喷花。
4)病虫害防治。仍以防病毒病为主，定植后每7-10天喷1次灭蚜，白粉虱药剂，加防病毒、疫病、叶霉病药剂。如果每次喷药期间加喷1次糖醋液(糖：醋：水=1：1：100)，可提高病毒病的防效。
5)发现病毒病后的补救。如苗期和定植后管理不当，番茄植株出现小叶现象，或果实长到乒乓球大小时，果面明显发白，表明植株已感病毒，要及时用药防治，否则果实成熟时不能全红，出现白色筋腐病症状。方法是：
每个喷雾器（15千克）中加入植病灵20毫升或病毒a20克、医用病毒唑1盒（1毫升×10支）、农用链霉素300万单位、硫酸锌50克、天然芸苔素20克、奶粉100克。第一遍用药要周到细致，全株喷洒，隔5天后再喷1次，一般喷3次即可治愈。以后喷施一般防病毒药剂即可，直到第二穗果采收结束为止。
