马齿苋清热解毒，散血消肿，利水通淋，抗菌杀虫。主治热痢脓血，热淋血淋，湿热带下，痈肿恶疮，丹毒，瘰疬等。
马齿苋入药始见于南朝梁代伟大的医药学家陶弘景所著的《本草经集注》，该书说：“马齿苋与苋别是一种，布地，生实微细，俗呼马齿苋，亦可食，小酸。”其后《开宝本草》载马齿苋“利大小便，去寒热，杀诸虫，止渴，破癓结痈疮”。《滇南本草》谓其“益气，清暑热，宽中下气润肠，消积滞，杀虫，疗疮红肿疼痛”。
唐代李绛《兵部手集》中曾记载武元衡相国在西川时，“苦胫疮焮痒不堪，百医无效”，及到京，有厅吏告诉他：“多年恶疮，百方不愈，或掀痛不已者，并捣烂马齿苋敷上，不过二三遍。”
后来，武相国“用之便愈”。正是由于马齿苋有着如此良好的散血消肿、清热解毒的功效，故李时珍在《本草纲目》论述其主治时说马齿苋可“散血消肿，利肠滑胎，解毒通淋”，将“散血消肿”作用放在最前。
明代伟大的医药学家李时珍认为，马齿苋是因其叶如马齿，而其性滑利似苋而得名。马齿苋还有其他很多的称谓：“五行草”或“五方草”，以其叶青、梗赤、花黄、根白、籽黑，象征着木火土金水五行之色；“长寿草”、“心不甘”，是因马齿苋长夏开花，其花朝开暮闭，炎夏酷暑，太阳越烈花开得越旺盛，如把它拔下来，挂在屋檐下，任凭风吹日晒，十天半月，它仍能开花结籽而名；“胖娃娃”，是因马齿苋属肉质草本植物，柔嫩而质软，肥厚而多水故名。
另外，无论是荒年，还是丰年，很多地方的百姓都爱把它当作菜吃，故又有长命菜、安乐菜之称。
