为了确保绿色食品的质量，合理使用和管理生产绿色食品的农药，我国特制定了《绿色食品的农药使用规则》。它是生产绿色食品的生产资料使用系列准则之一。
规则规定，绿色食品生产应从作物--病虫草等整个生态系统出发，综合运用各种防治措施，创造不利于病虫草害孳生和有利于各类天敌繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫草害所造成的损失。要优先采用农业措施，通过选用抗病虫品种，尽量利用灯光、色彩诱杀害虫，机械捕捉害虫，机械和人工除草等措施，防治病虫草害。
在特殊情况下，必须使用农药时，应按绿色食品的分类遵守以下准则：
aa级绿色食品的农药允许使用aa级绿色食品生产资料农药类产品。在aa级绿色食品生产资料农药类不能满足植保工作需要的情况下，允许使用某些指定的农药及方法。
a级绿色食品的农药允许使用aa级和a绿色食品生产农药类产品。在aa级和a级绿色食品生产资料农药类产品不能满足植保工作需要的情况下，允许使用指定的农药及方法。
此外，还需严格执行以下规定：
1.严禁使用剧毒、高毒、高残留或具有三致毒性(致癌、致畸、致突变)的农药。
2.每种有机合成农药(含a级绿色食品生产资料农药类的有机合成产品)在一种作物的生长期内只允许使用一次。
3.有机合成农药在农产品中的最终残留应符合gb4285等标准的最高残留限量(mrl)要求。
4.严禁使用高毒高残留农药防治贮藏期病虫害。
5.严禁使用基因工程品种(产品)及制剂。
