消毒剂在杀灭病原微生物、预防传染病等方面都起到了重要的作用。但是消毒剂在使用过程中必须严格遵守消毒剂的使用要求，决不能乱用。否则，可能会造成严重危害。
消毒剂使用不当会对人和动物构成危害
很多消毒剂都具有刺激性，例如，甲醛、戊二醛、过氧乙酸等。其中有的刺激眼睛，引起流泪、水肿。有的刺激呼吸道，引起打喷嚏、咳嗽、气管和喉头水肿。有的引起皮疹或使动物烦躁不安的症状。
消毒剂使用不当会损伤物品和器具
很多消毒剂腐蚀性很强，对物品和器具具有损伤作用，如石灰水、苛性钠、过氧乙酸等对木质和金属围栏等金属物品有较强的腐蚀性，使被腐蚀的器具很容易污染和存留细菌病毒以降低下次消毒效果，从而引发传染病。
消毒剂过多使用会破坏生态环境
在自然界中有许多种有益的微生物可分解环境中的腐败污染物，将它们分解成无害的水、二氧化碳、氮等简单的无机物。从而使有害微生物失去了宿主而死亡，起到了净化环境的作用。在频繁和不规范的消毒情况下，有益微生物也被杀灭，而抗药性强的病原微生物会更加泛滥，大量的繁殖并扩散，对人类和动物生产产生更严重的危害。
导致病原微生物产生耐药性
耐药性的产生就是滥用药物的结果，消毒剂也是药物，长期大量的使用，会使消毒效果明显降低，甚至完全失效。所以在动物生产中合理使用消毒剂应该引起高度重视。
