经常施用化肥会造成土壤的酸化危害，硫酸铵、氯化铵、氯化钾、过磷酸钙等酸性化肥在连年大量施用蔬菜地后，会使土壤中残留大量的酸类物质，使中性土壤变酸，酸性土壤更加酸化，既破坏了土壤微生物区系，又不利于大多数蔬菜的正常生长。长期施用化肥，尤其是连年多次施用硫酸铵、硫酸钾、氯化钾等，只能增加土壤中的硫酸根离子和氯离子的含量，而这两种离子对土壤来说都是有害的离子，不但有害于蔬菜生长，还会使土壤产生次生盐渍化，破坏土壤的结构，影响蔬菜对其他营养元素的吸收。蔬菜地长期过量施用化肥，不仅会对蔬菜造成危害，还会妨碍蔬菜对其他营养元素的吸收，引起缺素症。例如，过量施用含氮化肥会引起蔬菜的缺钙症。硝态氮过多会引起缺钼。钾过多会降低钙、镁、硼的有效性。磷过多会降低钙、锌、硼的有效性等。
因此，蔬菜地应最大限度地施用有机肥或其他非化学氮肥，替代化学氮肥，在不影响蔬菜正常生长发育的前提下，尽量以圈肥、鸡粪等有机肥和各种饼肥，代替化学氮肥，以防止蔬菜污染，减少化学肥料的残留和对土壤造成的污染和破坏作用。
