为了使牡丹枝条分布均衡合理，需进行整形修剪。修剪工作包括定主干、除芽、疏蕾与剪残枝枯叶。
一、牡丹修剪的时间
一般每年进行两次，第1次修剪在3月上旬，主要是定干、除芽与疏蕾，此时侧芽与萌蘖芽生长到8厘米左右，花蕾直径长到1.4厘米左右，叶片渐展环抱新枝一周，应及时进行修剪。
二、牡丹修剪的步骤
①定主干，就是选留几个分布匀称的萌蘖芽为“主干”，组成“丛冠”，每盆保持3—5个分布均匀的健壮枝条。
②除芽，就是用手直接掰掉不需保留的侧芽，每个枝条留1—2个外侧花芽即可：
③疏蕾，为保持优雅的花姿，必须疏掉过多的花蕾，使其养分集中供应主蕾开花。第2次修剪在牡丹花谢后，剪除残花、枯叶与枯枝，主要是为了减少营养的消耗，保持株型的整洁美观。
三、牡丹的修剪原则
“长一尺退八寸”，这是指牡丹生长时只有第3 个或第4 个腋芽才分化，而其上部分都会逐渐枯死。所以在确定牡丹一年中实际的生长量时，最上面的芽以上部分干枯，是退去的“8 寸”，该芽下面到枝条着生处为实际生长量。
若在冬季修剪，且该地区春天气温低且风较大（如北京），可保留从顶端向下第1 个顶芽开始往上的木质化的2 寸，保留一定的木质化部分或叶柄有利于保护芽。
