水培花卉与其他介质栽培一样，也要施肥，但水培花卉与土壤栽培花卉的施肥却不相同。土壤颗粒可以吸附一些养分，多余的养分则随着浇水而流失，所以，土壤栽培花卉对肥水的浓度有一定的缓释作用，不会因浓度稍高就使花卉受伤害。
水培花卉却非如此，施入的营养液完全被溶解在水中，浓度只要超出花卉的耐肥程度，就产生肥害。因此，水培花卉的施肥量要严格控制，根据不同情况，确定合理的施用量。
夏季高温时，花卉的生长受到抑制，所需养分少，应减低肥液的浓度。有些怕炎热的花卉，在高温季节处于半休眠状态，生长缓慢，并趋于停止，此时要停止施肥。
花卉品种不同，对肥的浓淡要求也不同，一般根系纤细的花卉，如彩叶草、紫鸭跖草等，耐肥性差，施肥浓度要低一些；根系较粗壮的花卉，如吊兰、龟背竹等，耐肥性稍好。
因光照不足而生长不良的花卉和刚永栽但还没有适应水培环境的花卉，应停止施肥。
凡观花类花卉，在花芽分化和花芽发育阶段，应以施磷、钾肥为主，氮肥为辅；观叶类植物以施氮肥为主，适当施些磷、钾肥；叶面呈彩色的观叶植物，不能多施氮肥。应适当增施磷、钾肥，使彩色条纹不致消失，更加鲜艳。
如因施肥不当，导致花卉发生肥害，根系腐烂，水质变臭，对此，要及时将腐烂根剪掉，清洗根系，用清水培养，待有新根长出后，才能施入营养液。
