2、根腐病：栽植两年以上的容易发病，往往根部呈现黑褐色病斑以致腐烂，全株枯死。大多数发生在低洼、积水的地块。
防治方法：雨季注意排水，及时除草中耕；发病初期用1%硫酸亚铁溶液在病穴浇灌消毒。
3、虫害：黄芩舞蛾，发生期可用90%敌百虫晶体或40%乐果乳油的800－1 000 倍液喷施防治。
甜菜夜蛾，在甜菜夜蛾以及小叶蛾发生初期用20%氯虫苯甲酰胺悬浮剂喷洒防治；地老虎可用0.5%辛硫磷毒饵进行诱杀。
将黄芩根部按大、中、小分开，选择向阳、通风、高燥处晾晒。撞下的根尖及细侧根单独收藏。晾晒过程中应避免水洗或雨淋，否则，使根变绿变黑。
商品干药材产量为二年生150—200公斤/亩，三年生300—400公斤/亩。
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