银杏的果实具有长柄，核果为倒卵形、椭圆形或近球形，长2. 5－3.5厘米。外果皮由外层的表皮细胞和内层的两种含有无色透明结晶体的薄壁细胞组成。呈肉质，绿黄色，成熟时为黄色或橙黄色，被白霜，其浆汁有特殊的臭味。
外种皮由5～6层圆形或长圆形壁厚、孔沟清楚的石细胞组成，坚硬致密，呈骨质，表皮平滑，为黄白色。
银杏的果实其先端尖或钝，具有2～3条纵棱。银杏花柄上的两个胚珠有时都能发育成果实，出现“双果现象”，但短枝上的果实则多为一个。
银杏的雄花，为倒垂的柔荑花序状，具有总柄，簇生于短枝的叶腋，成螺旋状排列。每一个短枝有3～8个雄花球。雄花长1. 5-2厘米，花柄长1—2厘米。每朵雄花有30-43个花药柄，柄上有一对花药，药室纵裂，药隔不发达，每个花药含花粉4 000-6 000粒。花药为长椭圆形。其中部饱满的花粉，比两端的花粉先成熟。这对延长传粉期有好处。
花药和花粉中含有呈游离状态或结合状态的缬氨酸、天门冬氨酸、精氨酸和赖氨酸等16种氨基酸，这些氨基酸对细胞的分化和代谢，具有十分重要的作用。
雌花聚生于短枝顶端，一般为1～8朵。每朵雌花有一珠柄。珠柄长1•2-4，8厘米，下端圆细，向上逐渐扁宽，呈凹形。柄端常分两叉，少数的为3～5叉或不分叉，各生一具有盘状珠托的胚珠。通常只有1个胚珠发育成果实。
