3、真菌入侵是结香的关键环节：在树体受伤恢复过程中，如果周边环境中的温度、湿度等条件适合，而正好伤口周边存在适合的真菌，菌群就会通过沉香树伤口表皮入侵树体，并且迅速以树液中的营养因子为培养基进行复杂的生物反应过程，真菌在厌氧环境下产生了很多了很多代谢物，而这些代谢物中含有大量沉香树原本所没有的新的芳香物质，而这些芳香物质就是沉香香气的来源此时，沉香树内凝固因子会大量生成，并逐渐凝固被感染区域内的部分脉管中的树液，以此来抵抗真菌的进一步入侵。这时，虽然沉香树种已经有芳香物质，但其量极少，并不成形，还不能成为沉香。
4、感染的持续和扩散：真菌感染和代谢不仅停留在伤口位置，还会沿着树体的营养管道进一步入侵，这就是我们通常所说的感染扩散过程。在各种条件满足下，在沉香树内，真菌不断扩大感染，不断与树体内的各种因子相互作用，持续产生芳香物质，又不断被树的凝固因子凝结在脉管中，这个感染、反应、产生芳香物质、被凝固、再扩散感染的过程，周而复始。循环往复，被称为持续感染阶段。这一阶段是持续结香并最终结出成块沉香的保证。
5、成香：在沉香树体内，新生成的发香物质、真菌本体、真菌其他不发香代谢物、真菌死亡残留物、沉香树组织残留物以及树液中的部分物质在沉香树的凝固因子作用下，与树的木质纤维凝结固化在了一起。这时，沉香树种就出现了一种由凝固的有机化合物才是沉香，而这个“树体受伤、真菌感染、感染扩散、树体抗感染、真菌代谢、产生芳香物质、被凝固、与木纤维一起形成混合物”的过程就是沉香的结香过程。
