苜蓿青贮的原理是利用青贮原料所附着的乳酸菌，在厌氧环境下将青贮原料中的碳水化合物（ 主要是糖类）变成以乳酸为主的有机酸，当有机酸在青贮料中积聚到0.65% 一 1.3% 时，抑制了有害微生物（如腐败细菌等）的生长，因而使青贮料得以保存。而苜蓿属于难青贮牧草，主要表现在以下方面。
含水量高
适当的含水量可保证青贮饲料品质的优良特性，常规青贮水分通常为60% 一 70% ，含水量过低时，不易压实，容易造成霉菌滋生，含水量过高时则在压实时大量的养分随着汁液的流失而损失。青绿苜蓿的含水量较高（80% 一 90% ），苜蓿的收获期恰逢雨热同期，不利于进行晾晒，难以进行常规的青贮。
含糖量低
可溶性碳水化合物（wsc）是乳酸菌发酵产生乳酸的主要原料。原料含糖量高时， 产生乳酸多，易于青贮， wsc含量不足，则青贮饲料不会产生足够的乳酸， ph难以达到4.2 以下，有害微生物会大量繁殖。通常将ph 达4.2 时所需的含糖量称为最低需要含糖量， 紫花苜蓿的最低需要含糖量为9.5%（分米） ， 而紫花苜蓿的实际含糖量仅为3.72%（分米）， 属于难青贮饲草。
缓冲度高
缓冲度是中和每100g全干饲料中的碱性元素，并使ph 降低到4.2时所需的乳酸克数，最低需要含糖量是根据缓冲度计算的，即:饲料最低需要含糖量（%）= 饲料缓冲度*1.7，苜蓿的缓冲度高达5.58%，造成负的青贮糖差，因此决定了苜蓿不易进行常规青贮。
附着乳酸菌少
乳酸菌在青贮过程中能分解饲料中的糖分，生成乳酸，进行乳酸的发酵，不引起蛋白质的分解，并且可以利用饲料中的各种氨基酸合成菌体蛋白，提高青贮饲料的营养价值，它是一种有益菌。饲料中的乳酸大部分是靠乳酸菌发酵可溶性碳水化合物而来的，而苜蓿原料乳酸菌的附着数量比较少，正常情况下只有当其数量达到青贮原料鲜重的105cfu/g时，青贮料才能保存完好。此外苜蓿可溶性糖分的含量较低，使乳酸菌的生长缺乏有效的物质基础，不利于乳酸的形成，故难以制作优质的青贮饲料。
