木瓜病害主要有果腐病、锈病、炭疽病和斑点落叶病，虫害主要是为害叶的蚜虫，为害果实的食心虫（桃小食心虫、桃蛀螟等）和为害枝干的天牛。
一、木瓜褐腐病
该病的发生与环境温湿度密切相关，当低温来临时，常伴随雨雪出现，木瓜生长发育受阻，抵抗力下降，给病菌的侵入造成有利条件，该病从病菌侵入到症状出现有7-10天潜伏期，因此往往被人们忽视，延误防治的最佳时期。
二、木瓜锈病
主要侵染成熟叶片，叶片染病后，丧失功能提前脱落。锈病发生在果枝、果柄处可造成落果，锈病引起的直接落果约5%。
三、早期落叶病
早期落叶病造成叶片过早枯落，树势严重衰退，花器质量差，花而不实。树势弱则感病亦重，造成恶性循环，重病树很少挂住果，产量极低，而且“三年两不收”。
对以上三种病害可进行综合防治，主要有以下措施：
一是冬季清园消毒
将木瓜园内的杂草、落叶清除，结合修剪剪除木瓜树上的枯枝、病枝一并清除销毁，然后喷洒石硫合剂消毒。
二是药剂防治
于花前、坐果后及果实膨大期进行喷雾，用多菌灵可湿性粉剂或70%甲基托布津可湿性粉剂800倍加15%三唑酮可湿性粉剂500倍液，可有效防治褐腐病、锈病和炭疽病。
另外，早春（花前）喷施保护型调节剂可增加木瓜对褐腐病的抵抗力。
四、木瓜蚜虫
木瓜蚜虫的防治方法主要包括：
一是冬季至春季清园至关重要，除按前述方法进行外，还须特别留意树冠外围和幼树秋稍末端经久不落的叶片包裹的顶芽，往往藏匿大量的越冬幼虫应清除销毁。
二是药剂防治，应以生物农药为主，在有果时期可配合防治食心虫一并防治，其主要季节要勤于观察，发现虫口及时防治。
五、木瓜食心虫
木瓜食心虫主要是桃小食心虫和桃蛀螟，以桃小食心虫为害最大，常造成大量落果，使木瓜的商品性状和产量大受影响。其主要防治方法如下：
首先把握好此虫出土羽化至产卵的集中时间，桃小食心虫是地温达到19.5℃后陆续出土结茧化蛹的，至成虫羽化的间隔时间是12-15天，交配产卵至幼虫孵化需要10天左右时间。
目前测报和防治桃小食心虫的最有效方法是性诱剂诱杀雄蛾，田间试验表明性诱剂对雄蛾的诱集率达到95%以上，其测报准确率达百分之百，防治效果达到70%以上，如在采用性诱剂的基础上辅以2-3次化学药剂防治，防效更好。
化学药剂防治的最佳时间是卵期至孵化后的第一天，由于桃小食心虫是在30-50天内持续发生的，所以药剂防治也是一个持续的过程，一般最少需要3次，最多需达到5次。最好是在发现成虫后的3-5天开始施药，至30-40天内，每间隔10天用一次药，效果比较理想，药剂一般选用既能灭卵又能杀幼虫的杀虫剂，一般菊脂类及其复配剂均有效。田间试验表明以“功夫”类农药防效最佳。
防好了桃小食心虫，其他食心虫的问题也基本解决了。
天牛的防治可在发现虫眼后，用棉球醮熏香型杀虫剂塞入虫眼，用泥土封口即可。
