苗期治虫也不能忽略，应选用高效、无污染、无残留、无公害农药 。
5.田间管理
5.1整枝：当苗生长到一到二片真叶，就可进行定苗了，每穴留一株苗即可，将弱的去除，定苗时切忌拔苗，只要将弱苗子叶节下用手掐断即可。
目前我区哈密瓜采用单蔓整枝，俗称一条龙的整枝方式。当瓜苗达到五到六片真叶时进行第一次整枝，对基部一到五节子蔓留一片叶摘心即可，并且将侧芽抹去；蔓长到二十到三十厘米时，要进行搬窝压蔓。第二次整枝在六到七节子蔓上留一叶摘心的处理，使座瓜部位集中在第七到九节的子蔓上，子蔓留一到两叶摘心，座瓜后打群尖。
为防病害，阴雨天不整枝。对于带病毒植株要及时去除，并且深埋。
5.2灌水：在哈密瓜生育期需要滴水六到七次，保持每亩达到二百六七十立方米的总滴水量。
滴水的原则要以节水为中心，根据天气，瓜苗的长势，以及土壤墒情等情况，要进行正确的处理，要保持瓜苗不出现干旱现象。特别是在哈密瓜座瓜期到瓜上麻纹期，田间要保持湿润。前期滴水量每亩保持三十五到四十方左右，果实膨大期，则需要用到四十五到五十方的滴水量，而且要缩短滴水的周期，基本八到十天左右滴一次，保证二十到二十五厘米左右的土壤渗水深度。
5.3追肥：结合滴水，在果实膨大期滴施哈密瓜专用有机肥三到四次，每次滴施八到十公斤。
哈密瓜在转色时，还需要进行翻瓜处理，一般按顺时针方向翻二到三次，大概一周翻一次，并且在雨后要及时地垫瓜处理，提高哈密瓜的商品率。
5.4植保：对于病虫害的防治，要始终贯彻“预防为主，综合防治”的方针。对于像细菌性角班病、叶枯病、白粉病、霜霉病等要进行科学的用药处理。比如细菌性角斑病，发病时间一般在5—6月份，选用波尔多液（硫酸铜：石灰：水=1：1：200），可杀得，农用硫酸链霉素，7—10天一次，最多用1次。而种植地如果是沙碱地，则蝼蛄会比较地多，如果有蝼蛄打隧道的情况，则需要用麸皮进行诱杀。
